Sin perjuicio de que existan ambos términos, lo cierto es que la más usada es la que va junta, aparte, que tiene varios significados. Sirve para referirse a que algo es distinto respecto a otra cosa. Es lo que mismo que separadamente, además, a mayor abundamiento.
"Si cortamos la tarta a partes iguales, nadie se podrá enfadar."
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